Sebagian besar spekulasi menunjukkan bahwa season 2 Rurouni Kenshin akan menampilkan Sanosuke Sagara, Kaoru Kamiya, dan Yahiko Myojin yang semuanya menuju ke Kyoto untuk mengejar Kenshin. Namun, Sanosuke memilih untuk pergi sendiri, sementara Yahiko berhasil meyakinkan Kaoru untuk pergi bersamanya ke Kyoto, dibantu oleh Megumi Takani.
Seperti yang diharapkan, Makoto Shishio akan menjadi antagonis utama dalam arc ini, dengan pertempuran melawan kaki tangannya dan sekutunya menjadi kunci menuju konfrontasi menentukan. Penggemar dapat mengantisipasi kehadiran kembali musuh tertentu dari season pertama, serta lebih banyak rincian masa lalu Kenshin yang terungkap saat ia berhadapan dengan mantan rekan dan musuhnya.